Siguiendo su vocación misionera, en 1968 viajó a Brasil para fundar una misión claretiana en la región del Araguaia, en el estado del Mato Grosso, en la Amazonía.
En todo este tiempo, junto a su equipo, construyó una iglesia popular, abierta, comprometida, coherente y que optó decidida y abiertamente por los más pobres.
[cita requerida] Sus posiciones favorables a una profunda renovación de la Iglesia y sus conexiones marxistas,[9] lo llevaron a tener problemas con la Santa Sede, durante el pontificado de Juan Pablo II.
En 1988 fue llamado a Roma para explicar su conducta, su orientación pastoral y su posición.
En 1994 apoyó la Revuelta de Chiapas (México), diciendo que cuando las personas toman las armas deben ser respetadas y comprendidas.
[11] Más allá de su acción en el Araguaia, fue fundador e impulsor de pastorales y movimientos sociales que son referencia mundial en la lucha por la tierra y por los derechos de los pequeños campesinos e indígenas, como la Comissão Pastoral da Terra,[12] el Conselho Indigenista Missionário,[13] o el Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem Terra.
En 2013 se estrenó una miniserie con la participación de TV3 sobre su vida titulada «Descalzo sobre la tierra roja»,[15] que está basada en el libro homónimo que escribió Francisco Escribano.