Sus ideas independentistas le valieron un tiempo la persecución del gobernardo Antonio García Carrasco, quien le ordenó proceso judicial en su contra, siendo reducido a prisión y encarcelado en Santiago.
Al lograr su libertad (1808), volvió a Chillán y continuó su propaganda libertaria.
Enfermó gravemente en 1829, por lo que se retiró del ejército, y murió en 1831.
Su hija Carmen Arriagada fue famosa por ser la compañera sentimental de Mauricio Rugendas en Chile y por su epistolario, de una gran calidad, que hace que se le considere una de las primeras escritoras chilenas.
Pedro de Arriagada fue también padre del oficial chileno Ramón Toribio Arriagada, veterano condecorado de la Guerra del Pacífico.