En marzo de 1865, suprimió un alzamiento contra el presidente del estado Zamora, el general Juan Pablo García, en Barinas.

Al año siguiente, fue nombrado presidente del Gran Estado Zamora (que incluía las provincias de Apure, Barinas y Portuguesa).

Al concluir la Revolución Azul, Rojas se vio en desventaja y tuvo que huir de nuevo hacia Colombia.

Se residenció en Cúcuta hasta octubre de 1870, cuando formó un movimiento armado que triunfó en San Cristóbal, tomó el mando civil y militar del estado Táchira como federalista.

Semanas después, un ejército enviado por el general Antonio Guzmán Blanco lo obligó al cese de sus funciones.