Nacido en el seno de la familia Borja, Pedro Luis era sobrino bisnieto del papa Calixto III y sobrino nieto de Rodrigo Borgia, que por aquel entonces se desempeñaba como cardenal vicecanciller en Roma.

Cuando éste alcanzó el papado, también creó cardenales a sus primos Juan, el mayor (1492) y César (1493) y a su hermano Juan, el menor (1496); su otro hermano Rodrigo fue capitán de la guardia pontificia.

El mismo año fue nombrado arzobispo de Valencia sucediendo a su hermano Juan, aunque nunca visitó la diócesis.

La archidiócesis no reconoce a Pedro Luis en la lista de sus arzobispos.

[cita requerida] Permaneció en Nápoles hasta que en 1511, mal informado de la muerte del papa, emprendió camino a Roma y murió como consecuencia de la caída del caballo.