Pero la especie más notable es la fotosintética P. chromatophora, que recientemente (evolutivamente hablando) ha adquirido cloroplastos mediante la endosimbiosis de una cianobacteria.
[5] Es el único caso de endosimbiosis primaria conocida, aparte del que dio origen a Archaeplastida.
El resto de los protistas obtuvieron sus cloroplastos mediante endosimbiosis secundarias o terciarias.
El simbionte de P. chromatophora está relacionado con las cianobacterias Prochlorococcus y Synechococcus, pues se le considera hermano del grupo formado por los miembros vivos de esos dos géneros.
[6] Se calcula que la divergencia entre P. chromatophora y otras especies de Paulinella heterótrofas ocurrió hace entre 90 y 140 millones de años.