Durante ese tiempo se dedicó a trabajos de biología celular, en diatomeas, Protozoos, animales prehistóricos y rotíferos.

En 1898 Lauterborn acuñó ese concepto todavía ampliamente aceptada de "ciclomorfosis".

Así lo hizo, entre otros bajo las órdenes de la Oficina Imperial de Salud, con particular referencia a las investigaciones biológicas en el Alto Rin, ya en ese periodo contaminado por las empresas industriales cada vez más.

Su trabajo más importante no fue biológico, sino sobre la historia de la ciencia y los aspectos geográficos: „Der Rhein.

La historia natural de un río alemán") el primer volumen se subtituló „Die erd- und naturkundliche Erforschung des Rheins und der Rheinlande vom Altertum bis zur Gegenwart“ (El estudio de la historia geológica y natural del Rin y la región del Rin desde la Antigüedad hasta el presente") incluyendo una monografía del conocimiento de historia natural de su tiempo en ese fluvio.