En 636 los árabes musulmanes expulsaron a los bizantinos de Siria, conquistaron Antioquía en 637 e introdujeron el islam y la lengua árabe, además, la ciudad sufrió varios desastres naturales, incluidos grandes terremotos durante los siglos IV y VI.

El patriarca Pedro III de Antioquía intentó arbitrar entre ambas partes y no se definió por el cisma, lo mismo que su breve sucesor Juan IV, pero hacia 1058 el patriarca Teodosio III se consideró en cisma con la Iglesia de Roma sin una declaración formal.

Los cruzados reinstalaron primero al patriarca griego Juan el Oxita, que había estado prisionero de los musulmanes.

Mientras este patriarca permaneció en Antioquía, intentaron que reconociera la supremacía del papa en lugar de nombrar a un rival.

Entonces los cristianos latinos eligieron en 1100 un patriarca propio, un eclesiástico llamado Bernardo que había llegado a Oriente con los cruzados.

[2]​ En el Concilio de Lyon II en 1274 fue proclamado el fin del cisma con la adhesión del patriarca ortodoxo Teodosio IV Villehardouin, quien pudo establecer su sede en Antioquía en 1276, pero la unión duró hasta que el nuevo emperador bizantino Andrónico II Paleólogo la repudió en 1285.