Estuvo integrado por los insurgentes del grupo guerrillero Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia - Ejército del Pueblo (FARC-EP), que fundaron esta organización paralela en 1993.

El PC3 se da a conocer en el año 2000 durante los Diálogos del Caguán.

[1]​ Actualmente se encuentra alineado con la facción disidente de las FARC-EP conocida como "Segunda Marquetalia", dirigida por Iván Márquez.

Después de que este grupo guerrillero rompiese oficialmente con el tradicional Partido Comunista Colombiano (PCC), el cual tiene existencia legal, y tras la experiencia de la Unión Patriótica surgió esta estructura partidaria, la cual estaba vinculada a las FARC-EP.

[5]​[6]​ Cada escuadra de las FARC-EP era a la vez célula política y sus integrantes son militantes del PC3.