Aquella discusión derivó en una masiva expulsión de militantes disconformes con la conducción de Patricio Echegaray y, posteriormente, en un llamamiento a un Congreso Extraordinario no avalado por el Comité Central del Partido Comunista.

Desde fines de los años 90, el Partido Comunista de Argentina comenzó a tener fuerte disputas internas por la conducción del Comité Central, y diferencias en la visión sobre la estrategia política que debería tomar el partido tras la caída del bloque soviético.

El PCCE se proclama defensor del marxismo-leninismo en Argentina y lo reivindica como doctrina política para los comunistas.

Por otro lado, el PCCE ha participado en la fundación y en el primer año del Movimiento Libres del Sur, que en sus inicios se vinculó a los Kirchner pero luego rompió filas y se tornó a la oposición de centro-izquierda, liderada por el Frente Amplio Progresista.

[8]​ El PCCE mantiene una estructuración actual en desarrollo, dada su corta existencia y su base militante.

Su rama vinculada a la juventud es la Federación Juvenil Comunista (Congreso Extraordinario) (FJC-CE), que cuenta con presencia tanto en el plano sindical como en el estudiantil (secundario, terciario y universitario).

Otra publicación periódica es la revista Raíces Latinoamericanas, de carácter teórico y más vinculada al debate político en su profundidad.

En 2005, el PCCE adhirió a la propuesta frentista que lanzaron algunos dirigentes transversales, pero ante su fracaso decidieron llamar abiertamente a votar al Frente por la Victoria,[9]​ despegando en sus prensas fotos de Cristina Fernández y Rafael Bielsa.

Estas elecciones serían las primeras que el kirchnerismo perdería, desde su llegada a la presidencia, en 2003.

A Jorge lo reemplazaría su hijo, Pablo Pereyra, en el cargo de Secretario general del partido.