La latitud, la altitud y la cercanía a los macizos montañosos nevados determinan el riguroso clima del parque.

Los vientos constantes y dominantes provienen del oeste, por lo cual son sumamente fríos.

Ocho son los lagos principales que las conforman, además de ríos y arroyos.

Los ríos Punta Bandera y Blanco, a través del Perdices, desagotan su caudal en él.

Los guanacos abundan, y las manadas de estos tranquilos camélidos son frecuentes, especialmente en la península del lago Belgrano.

Existen también gato montés, zorro colorado, piche, hurón, zorrino, tucu-tucu, huemul (Hippocamelus bisulcus), un cérvido autóctono muy amenazado que encuentra en el parque refugio seguro y en invierno desciende a los valles en busca de alimento, y pilquín, también llamado chinchillón anaranjado o vizcacha de las sierras, que vive en los rocosos acantilados.

Entre ellas se encuentra el macá tobiano (Podiceps gallardoi), amenazado de extinción, ave acuática protegida sólo en este Parque.

También amenazado, pero protegido en otros parques patagónicos, observamos sobrevolar la zona al halcón peregrino (Falco peregrinus).

En las lagunas son frecuentes el flamenco austral (Phoenicopterus chilensis), las avutardas, varias especies de patos (Anas spp.)

Los ríos y lagos están poblados por un pez autóctono, llamado localmente “peladilla”, que es comestible.

[11]​ en tierras adyacentes al parque nacional Perito Moreno donadas por el conservacionista ambiental Douglas Tompkins.