El Parque abarca 62.700 ha; las cuales se distribuyen de la siguiente forma, al sector Cerro Negro le corresponden 15.500 ha.

Está labrada en rocas sedimentarias que se formaron hace 130 millones de años en la era mesozóica en un antiguo mar.

El mar se retira producto del levantamiento de la corteza terrestre, dando origen al Macizo Oriental.

La erosión hídrica, produce filtraciones que originan toda una red de ramales y galerías intercomunicadas.

La extensión total de la cueva no se conoce con exactitud, lo cual constituye un gran misterio y da lugar a muchos mitos.

Existen además una variedad de mamíferos, como, Mono Araguato, cunaguaro, puma, báquiro cinchado, el Tapir, el venado caramerudo, entre otros.

El paisaje montañoso, de relieve accidentado, dados por una hidrografía muy densa que resulta en valles estrechos limitados por vertientes fuertemente inclinadas.