Al mismo tiempo, conservaba, protegía y reproducía principalmente especies nativas del país.
El zoológico nacional obtuvo el mayor éxito mundial en la reproducción en cautiverio del rey zope.
[8] El zoológico nacional trabajaba para generar espacios de participación que contribuyeran a la formación de la conciencia del ser humano y del desarrollo sostenible, orientados al respeto y protección de los recursos naturales e identidad cultural, por medio del rescate y difusión de valores, basados en la recreación, educación, conservación e investigación.
Reptiles Entre ellos se encuentran: tortugas, cocodrilos, caimanes, guecos, Iguanas, micas, masacuata, pitones, serpiente rey, cascabel, raneras, coral, entre otros.
Aves Entre ellas se encuentran: guaras, loras, pericón garganta roja, pava de monte, pajuil, faisán de collar, faisán dorado, pavo real, pato indio, garza tigre, rey zope, búhos, lechuzas, halcón guás o reidor, gavilanes, avestruz entre otras.