[1] Entre ambas misivas, ya se habían formado varias repúblicas, tomando como base los antiguos gobiernos indígenas, pero tratando de darles una forma española basada en el municipio, en el caso del valle de México los españoles organizaron varias repúblicas entre estas tenemos la de Iztapalapa, Tlalpan, Coyoacán, Azcapotzalco, Texcoco y en la ciudad que normalmente se conoce como México, se dividió en tres repúblicas, una totalmente española conocida comúnmente como la Traza y dos indígenas una en la antigua México-Tlatelolco y la otra en México-Tenochtitlan la cual recibió el Nombre de San Juan Tenochtitlan.
[1][2][3] Esta república en un principio fue gobernada por nobles indígenas, sobre todo de pueblos aliados a los españoles, mientras la ciudad de Santiago Tlatelolco era gobernada por nobles indígenas Mexicas, por ejemplo el mismo Huey Tlatoani Cuauhtémoc.
[2] De acuerdo a las reglas la República de Indios debía ser gobernada solo por indígenas, los cuales dividirían su territorio en zonas gobernadas por una parroquia, los que a su vez estarían divididos en barrios o campan, que fueron Santa María Cuepopan, San Sebastián Atzacualco, San Juan Moyotla (donde residían el gobernador y cabildo y San Pablo Teopan.
[4] El gobernador era elegido cada año, normalmente en noviembre y tomaba el mando el primero de enero siguiente, duraba en el puesto un año, pero desde el inicio se reeligieron por varios periodos, este nombramiento debía recaer en una persona solvente, indígena y preparada, era electo por votación indirecta, de los electores no está claro como eran elegidos, ya que su número varía de elección a elección, aunque varios de los gobernantes antes fueron electores, al entrar en funciones nombraba bajo su responsabilidad a una serie de funcionaros, entre estos regidores, síndicos, etc. Su nombramiento no era directo ya que debía pasar por el visto bueno del Virrey, quien en muchas ocasiones obligó a elegir a alguien que no era indígena.
[4] Se sabe que en 1564, el gobernador recibía un sueldo anual de 400 pesos, aunque no siempre cobraba puntualmente.