Fernández Pérez ha estudiado la influencia de las redes personales de las empresas europeas en la transición de la Edad Moderna a la contemporánea, en diversos sectores económicos (comercio colonial, industrias de capital intensivo, y en dos regiones autonómicas: Andalucía, Cataluña.
En 2003, Fernández Pérez organizó varias sesiones de panel para la "Historia de las Empresa conjuntas", por la Asociación Conference-European Business History, en Congreso en Lowell Mass.
; y en 2009, en la Conferencia de la misma institución en Milán, con J. Vidal.
"Familia y matrimonio en torno al comercio colonial en el siglo XVIII en Cádiz", bajo la supervisión de Richard Herr, fue publicado en castellano como "El rostro familiar de la metrópoli.
Redes de parentesco y lazos mercantiles en Cádiz 1700-1812" (Madrid: siglo XXI de España Editores, 1997).