Felipe II destinó el «Tinell» a Real Audiencia e instaló en el resto del edificio la Capitanía General de las Islas.
Su decoración presenta dos ambientes: en la planta baja se recrea el estilo medieval con obras del siglo XV al XX.
El castillo actual, de origen romano, es una modificación del alcázar musulmán iniciado en 1281, se prolongó hasta 1343, durante los reinados de Jaime II, hijo de Jaime I el Conquistador, Sancho I y Jaime III.
La Almudaina fue la sede del próspero reino mallorquín del siglo XIV, durante los reinados del citado monarca y de sus sucesores Sancho I y Jaime III, hasta pasar a la Corona de Aragón con Pedro IV en 1349.
Durante la primera mitad del siglo XVI se construyó la planta alta por orden del rey Carlos I de España, que fue el último monarca en visitarlo hasta que entre el 12 y el 16 de septiembre de 1860 se alojó en él la reina Isabel II junto con su esposo y sus hijos.