El término Pajaral fue acuñado por el arqueólogo Ian Graham, quien descubrió el sitio en los años 1970s, y está referido a la gran cantidad de aves que encontró durante sus investigaciones.
Los estudios en el área han estado dirigidos por James Fitzsimmons (Middlebury College) y Laura Gámez (Universidad de Pittsburgh).
La atención generada a estos sitios del norte de Guatemala derivan del descubrimiento hecho por el epigrafista y mayista David Stuart, quien hizo la conexión de Zapote Bobal con un nombre repetido en varias menciones en las inscripciones encontradas en Piedras Negras y Yaxchilán.
Ese nombre es el topónimo Hix huitz, cuyo significado en lengua maya es cerro del jaguar.
[5][6] En todo caso las construcciones de Zapote Bobal indican claramente que hacia los años 600s d. C., esta última ciudad había eclipsado a Pajaral y había tomado el nombre de Hix Uitz para sí misma.