Pafnucio fue monje del monasterio de Pispir del cual salió para ser obispo en la mencionada ciudad, cuyo nombre se ignora.

Fue perseguido durante las persecuciones de Galerio, Maximiano y Maximino Daya por lo que fue condenado a trabajar en las minas después de habérsele arrancado el ojo derecho.

Su nombre está inscrito en el martirologio romano el día 11 de septiembre, mientras que la Iglesia ortodoxa celebra su memoria el 19 de abril.

Se cree que fue el director espiritual de Santa Thais.

En la cultura popular, es el santo que ayuda a encontrar objetos perdidos junto a San Antonio De Padua.