[1][2] Consiste en entradas que describen dominios, familias y sitios funcionales así como patrones de aminoácidos.
Sus usos incluyen la identificación de posibles funciones de las proteínas recientemente descubiertas y el análisis de aquellas ya conocidas pero con actividades previamente desconocidas.
[3] Esta proporciona información adicional acerca de funcionalidades o de aminoácidos estructuralmente críticos.
Las reglas contienen información sobre los residuos biológicamente significativos, como sitios activos, sitios de unión a sustrato o cofactores, modificaciones postraduccionales o enlaces disulfuro, para ayudar a determinar la función.
Estas pueden automáticamente generar anotaciones basados en los motivos de PROSITE.