Otto Kandler ( 23 de octubre de 1920, Deggendorf - 29 de agosto de 2017, Múnich) fue un botánico alemán.
En 1949 Kandler obtuvo el doctorado por la Universidad de Múnich y en 1953 la habilitación para docente universitario.
Entre 1960 y 1968 fue director del Bakteriologischen Instituts der Süddeutschen Versuchs- und Forschungsanstalt für Milchwirtschaft de la Universidad técnica de Múnich.
Desde 1968 hasta su jubilación en 1986 fue profesor de Botánica y Microbiología en la Ludwig-Maximilians-Universität München.
Junto con Carl Woese completó en 1990 la taxonomía de los organismos vivos Eucariontes y Procariontes a un arreglo trinitario, incluyendo Archaea y del siguiente modo: Posteriormente Kandler se dedicó a la investigación de los daños a los bosques.