Diplomado en empresariales por la Universidad del País Vasco, Matute se inició en el activismo social a través de los movimientos de insumisión al servicio militar y el movimiento pacifista Elkarri.

Se incorporó a la dirección de Ezker Batua en representación del colectivo Ekaitza, surgido en 1993 como una corriente interna partidaria del soberanismo vasco, el derecho de autodeterminación, los movimientos sociales alternativos y la participación ciudadana en las decisiones políticas.

[3]​ En 2008 encabezó la única candidatura alternativa en la VII Asamblea de Ezker Batua y que fue respaldada por los sectores críticos Batzen y Encuentro Plural Alternativo;[4]​ pero el Partido Comunista de Euskadi, que hasta entonces se había mostrado discrepante con la dirección, optó por apoyar la candidatura principal, con lo que finalmente se ratificó de nuevo a Javier Madrazo como coordinador general, cargo del que dimitió ante los malos resultados electorales que obtuvo su formación en las elecciones al Parlamento Vasco de 2009.

Alternatiba, que se define como un partido soberanista y de izquierdas,[5]​ en 2011 se integró en la coalición electoral Bildu junto con Eusko Alkartasuna e independientes de la izquierda abertzale.

[7]​ En las elecciones de 2016 encabezó la lista de EH Bildu al Congreso por Vizcaya, resultando elegido diputado, por lo que fue sustituido en el Parlamento Vasco por la abogada Jone Goirizelaia.