Auditoría General de la Nación (AGN), que emitió en 1995 un duro dictamen donde afirmó que faltaron controles y registros por $ 117,9 millones, correspondientes a 1995, cuestionando el desorden administrativo de la Universidad, la violación a la ley penal tributaria y la dilapidación de los recursos.
[1] En 2000 generó una nueva controversia cuando intervino el Hospital de Clínicas y desplazó al director del Hospital de Clínicas Juan Mazzei, quién había llegado por concurso, Mazzei criticó la intervención.
"Nunca en la historia, ni siquiera en regímenes autoritarios" se tomó una decisión similar, dijo.
[2] Durante su gestión, Shuberoff respaldó a la agrupación universitaria del radicalismo, Franja Morada, por la cual se lo investigó por el desvío de dinero público para dicha agrupación política.
En 2007, cuando iba a ser sometido a juicio por "omisión maliciosa", resultó sobreseído porque la lentitud del trámite judicial prescribió la causa relacionadas con la compra de inmuebles en Estados Unidos y en Aruba, en Antillas.