Al año siguiente fue destinado a San Sebastián, donde estuvo hasta 1793, cuando estalló la Guerra de la Convención y Francia invadió las Vascongadas y Cataluña, sin que se retiraran las tropas hasta agosto de 1795.
Ortuño describió en ese año los desastres del conflicto en un impreso, La paz interior... (Vitoria, Baltasar Manteli, 1795).
Montehermoso permitió que lo acompañara en los momentos más difíciles y también, aunque enfermo, en 1811, en la comitiva regia, al desplazarse ésta a Roma con motivo del bautizo del llamado rey de Roma, Napoleón II Bonaparte, el ansiado heredero varón del imperio.
Da muchos más detalles sobre esta historia un curioso artículo de Abel Hugo, publicado en la Revue des Deux Mondes en 1833.
Falleció ese mismo año en París el 8 de junio, y le sucedió su hija única, María Nieves Amalia, nacida en 1801 (otros hermanos suyos habían fallecido: Félix María, nacido en 1765 y muerto a los cinco años, y después de él dos hermanas llamadas María Josefa, nacida en 1768, y María Ramona, en 1770, que fallecieron siendo niñas).