En 1871 Seeley aún no le había dado un nombre científico a la especie.

Él nombró a la especie tipo O. sedgwicki en 1891, aparte de las mandíbulas también refirió elementos de la pelvis, afirmando que ésta era idéntica a Pteranodon y tenía prioridad.

Sin embargo, Richard Lydekker negó esta identidad en 1904 y, sin darse cuenta del nombre ya dado por Seeley, creó una supuesta segunda especie tipo, O. seeleyi.

Infortunadamente Ornithostoma ha sido tratado como un taxón cajón de sastre, es decir, una conveniente etiqueta para restos que no tienen características distintivas, en forma similar al caso del dinosaurio Megalosaurus.

En 1914 Nikolai Nikolaevich Bogolubov nombró a una única vértebra grande Ornithostoma orientalis (corregido como O. orientale por George Olshevsky en 1991) que fue más tarde renombrado como Bogolubovia orientalis (Nesov & Yarkov 1989) siendo transferido de la familia Pteranodontidae a la familia Azhdarchidae.