Se doctoró en 2002 con una tesis titulada Economía y pensamiento económico en la Cataluña de la Alta Edad Moderna (1520-1630)[7]​ donde analizaba el nacimiento del pensamiento económico moderno en Cataluña, estableciendo paralelismos con los pensamientos inglés y castellano de las primeras décadas del siglo XVII.

Es autor, además, de diversos libros, entre los que destacan Els catalans i Cuba, La batalla de l'Ebre, Manel Girona, el Banc de Barcelona i el Canal d'Urgell, Guerres dels catalans o Centres i perifèries: Catalunya, Espanya, Cuba.

[8]​ También ha trabajado como guionista y asesor en series documentales de televisión, como Els Maquis, La guerra silenciada o Conviure amb el risc.

[10]​ En junio de 2011 fue investido alcalde de dicho municipio, gracias a una coalición integrada por Junts per Sant Vicenç-ERC-AM, ICV-EUiA y CiU, que desbancó a la lista más votada, la del PSC.

[11]​ También afirmó en el juicio del Procés ser federalista por lo que respecta a Europa.

Renunció en enero de 2012 para ceder el escaño a Ana Miranda, representante del Bloque Nacionalista Galego.

[12]​ Como presidente de ERC ha defendido que el castellano sea también lengua oficial en una eventual república catalana.

A raíz de las elecciones municipales de 2015, la lista encabezada por Junqueras consiguió 3 concejales más respecto a las elecciones anteriores, convirtiéndose así ERC en el grupo municipal con mayor representación en el pleno del consistorio.

Fue vuelto a ser investido alcalde, cargo que mantendría hasta el 23 de diciembre del mismo año, cuando renunció para "centrarse exclusivamente en el proceso de autodeterminación", según informó a los medios.

[17]​ Junqueras afirmó que el referéndum del 1-O en Cataluña era una oportunidad para "transformar España".

El fiscal, Miguel Ángel Carballo solicitó prisión incondicional para todos los miembros del Gobierno catalán.

[38]​ Al día siguiente su artículo fue contestado duramente por el secretario general de Junts Jordi Sánchez, también encarcelado, con otro artículo publicado en Ara titulado "El 1 de octubre no fue un error".

[39]​ En el artículo Sánchez le decía: «No creo que el 1 de Octubre fuera un error... y menos todavía un acto ilegítimo».

Nada más recobrar la libertad declaró: «Somos nueve personas más las que nos sumamos para continuar el trabajo por la libertad de todas las personas de este país, que seguimos trabajando para la amnistía de los 3000 represaliados y las personas que están amenazadas por los procesos judiciales habidos y por haber».