A medida que ascendía al poder, la CIA se preocupó cada vez más por sus acciones y puntos de vista políticos.

Inicialmente, la organización no pudo descubrir pruebas contundentes de que Castro fuera comunista.

Sin embargo, la CIA siguió preocupada por cómo el gobierno de Castro tomó posiciones procomunistas.

La inteligencia de la CIA concluyó que los confidentes cercanos de Castro, el Che Guevara y Raúl Castro, tenían tendencias comunistas.El general Charles P. Cabell señaló en noviembre de 1959 que, si bien Castro no era comunista, permitió que el partido comunista en Cuba creciera y difundiera su mensaje.

El jefe de la Operación Mangosta fue Edward Lansdale, quién diseñó el programa que conducía a la revuelta y al derrocamiento del régimen comunista cubano.