Garrison presentó cargos contra el empresario de Nueva Orleans Clay Shaw (Tommy Lee Jones) por su participación en una conspiración para asesinar al presidente, por lo cual Lee Harvey Oswald (Gary Oldman) fue encontrado responsable por dos investigaciones del gobierno: la Comisión Warren, y el Comité Selecto de la Cámara sobre Asesinatos (las cuales concluyeron que había otro asesino disparando con Oswald).

Basado en el primer boceto del guion, escribió un mordaz artículo donde atacaba la película.

Garrison y su equipo investigan a varios probables conspiradores, entre ellos el piloto de aviación David Ferrie (Joe Pesci), pero son forzados a dejarlos ir luego de que la investigación es reprendida públicamente por el gobierno federal.

El presunto asesino de Kennedy, Lee Harvey Oswald (Gary Oldman), es asesinado por Jack Ruby (Brian Doyle-Murray) antes de que pueda ir a juicio, y Garrison cierra la investigación.

En un interrogatorio informal, Shaw niega haber conocido a Ferrie, O'Keefe u Oswald, pero también se le acusa de conspirar para matar al presidente.

Algunos testigos clave se asustan y rehúsan testificar, mientras que otros, como Ferrie, mueren en circunstancias sospechosas.

“X” sugiere que hubo una conspiración en los más altos niveles del gobierno en la que estaban implicados miembros de la CIA, el complejo industrial-militar y la mafia, y señala al Servicio Secreto, al FBI y al vicepresidente de Kennedy como co-conspiradores directos o con motivos para cubrir la verdad sobre el asesinato.

“X” explica que Kennedy fue asesinado porque su política extranjera habría significado la disminución de los beneficios del complejo industrial-militar, y habría enfurecido a los oficiales del alto rango militar que miraban tal diplomacia como una debilidad.

i Además, la mafia había ayudado a Kennedy a ganar las elecciones de 1960 como un favor para su padre, Joseph P. Kennedy, Sr, que había hecho negocios con la mafia en la década de 1920, pero ésta se sintió traicionada cuando él le había permitido a su hermano, Robert F. Kennedy, continuar con su campaña en contra de la mafia estadounidense.

En la película se refleja que los miembros del jurado sostuvieron públicamente su creencia en una conspiración detrás del asesinato, pero que no hubo suficiente evidencia para ligar a Shaw al asesinato.

[4]​ Ya antes de su estreno, la película fue muy criticada por sus numerosas licencias dramáticas e inexactitudes.