Snake es un joven soldado que es reclutado por el comandante de las fuerzas especiales FOXHOUND , Big Boss.Este lo envía en una misión secreta para desmantelar una "Fortaleza Armada" que amenaza con gobernar el mundo, conocida como Outer Heaven.Después se descubre que en realidad enfrentó a Venom Snake o "El fantasma del Big Boss".Snake es sacado del retiro por Roy Campbell, el nuevo comandante de FOXHOUND, para llevarlo a Zanzibar Land, una nación fortaleza con las mismas intenciones que Outer Heaven.Ahí debía rescatar al Dr. Kio Marv destruir el Metal Gear D y recuperar la fórmula OILIX.Más tarde se enfrenta a Gray Fox al mando de Metal Gear D y sale victorioso.Solid Snake es reclutado por el coronel Roy Campbell para poder terminar con lo que está haciendo.Principalmente, la idea de El Pentágono era recuperar al robot Metal Gear REX sin daño alguno, aniquilando con este virus a todo el escuadrón de FOXHOUND, a los soldados genoma e inclusive al mismo Solid Snake.También conoce a Hal Emmerich (Otacon), su inseparable compañero en gran parte de la saga.Snake logra encontrar el Metal Gear Ray junto a un grupo de Marines, y unos Mercenarios rusos con los que se encuentra Revolver Ocelot.En Metal Gear Solid 4 se muestra a un Snake bastante mayor debido a que es un clon, y al crearlo, programaron sus células para vivir menos que una persona normal y ahora será conocido como Old Snake, tan solo le quedan seis meses de vida, según Naomi.Cuando Snake y Naomi llegan al Kasatka, el helicóptero donde estaba esperando Otacon .Después, Vamp y Raiden se ven las caras de nuevo, en donde Raiden le gana a Vamp, y Snake destruye a la mayoría de los Gekkos enviados para destruir Shadow Moses.Raiden se queda atrás para evitar que los Gekkos sobrantes salieran de la instalación.Tras vencerlos, Snake se dirige hacia el servidor de GW, protegido por tres largos pasillos que emiten microondas.Después de esto Snake llega a GW en donde Otacon, con el Metal Gear Mk.Big Boss abraza a Solid Snake y comienza la explicación de por qué él seguía vivo.Luego Big Boss muestra al Major Zero (fundador de los Patriots) en estado vegetal, y poco después, acaba con él.), y muere en los brazos de su hijo, a causa del FoxDie (que lleva también en su cuerpo Solid Snake) .Aunque aún se cree que en realidad el envejecimiento acelerado que se observa en Solid Snake sería causado por la cepa anterior del virus FOXDIE, haciendo esto contrario a lo expresado por Naomi en Sudamérica (después de todo no sería la primera vez que esta le miente a Snake para que este sea el ejecutor de su agenda personal), y esta cepa al ser suplantada por una nueva por Drebin dejaría de causar este indeseable y poco justo efecto en el único héroe de la saga que jamás se ha vendido al bando opuesto.
