[10]​ Con una red principal formada por catorce cuevas que se comunican entre sí en 6 pisos o alturas diferentes.

[10]​ Hasta el año 2012 se ha documentado la presencia de 187 especies de invertebrados en Ojo Guareña, pertenecientes a los grupos Acari, Cnidaria, Crustacea, Hirudinea, Insecta, Mollusca, Nematoda, Mollusca, Oligochaeta, Rotifera y Turbellaria.

[5]​ Algunas especies que se han descrito son nuevas para la ciencia, como las batinelas Iberobathynella guarenensis, I. burgalensis e I. cornejoensis;[13]​ los oligoquetos Gianius navarroi e Isochaetides gianii[14]​ o los oribátidos Steganacarus ortizi y Ceratozetes simulator.

[17]​ También pueblan la zona distintos mamíferos, como el desmán ibérico, el gato montés, el lirón careto o la nutria.

[16]​[17]​ La vegetación es muy diversa debido a su localización, en una zona de transición entre las regiones mediterránea y eurosiberiana.

[16]​ La superficie del monumento natural se encuentra ocupada por campos de cultivo, pastizales, brezales y bosques.

[19]​ En la cueva Palomera se encuentran pintura rupestres,[20]​ cuyas dataciones les asignan una edad de 10 000 años BP (Magdaleniense Superior-Aziliense).