La instrumentación fue instalada en 1814 por el propio Von Struve quien comenzó con las observaciones inmediatamente.

Una parcela de tierra en la colina Tõravere fue asignada para dicho propósito y en 1958 comenzó su construcción finalizándose en 1963.

La mayoría de los astrónomos del antiguo observatorio se trasladaron a las nuevas instalaciones y su nuevo telescopio reflector de 0,50 m vio su primera luz en ese mismo año.

En 1964, en el transcurso de una conferencia internacional, se acordó cambiar el nombre de Observatorio Tartu por el de Observatorio von Struve, nombre que se mantuvo hasta 1995 en que se decidió que volviera a su denominación original; Observatorio Tartu.

Además de Von Struve, varios importantes científicos han estado relacionados con el observatorio como son Ernst Öpik, Oskar Backlund, Thomas Clausen, Grigori Kuzmín o Jaan Einasto.