Con la fundación de ciudades y pueblos hispanos y la creación de la primera Iglesia particular en lo que hoy es Bolivia (Charcas en 1552), la pastoral se diversificó desde la evangelización y catequesis de los pueblos indígenas a la atención pastoral de hispanos y criollos como a las misiones a infieles en las zonas de Yungas y Apolobamba, también se realizó la organización eclesiástica, el desarrollo de la vida religiosa y el surgimiento del clero secular nativo.

A la catedral le fueron asignados 3 dignidades y 4 canónigos.

En 1610 se estableció el seminario diocesano, dedicado a san Jerónimo.

En la segunda mitad del siglo XIX se conoce un nuevo periodo de desarrollo y florecimiento pastoral.

Pero después, ha de enfrentar la segunda crisis en los gobiernos liberales, durante los primeros lustros del siglo XX.

[10]​ La arquidiócesis recibió las visitas pastorales de los papas Juan Pablo II en 1988 y Francisco en 2015.