Esta sección de la enzima se conoce comúnmente como bucle P,[7] en referencia a su interacción con los grupos fosforilo del ATP.Para permitir la interacción con esta clase de enzimas, el ATP debe unirse primero a un ion metálico como el magnesio o el manganeso.[9] El ion metálico forma un complejo con el grupo fosforilo, así como con varias moléculas de agua.Este mecanismo enzimático es un ejemplo de catálisis por aproximación: la nucleósido-fosfato quinasa une los sustratos para juntarlos en la posición correcta para que se transfiera el grupo fosforilo.Este primer cambio fue drástico: la estructura tridimensional del dominio de la tapa cambió significativamente.
La
adenilato quinasa
, un ejemplo de nucleósido-fosfato quinasa, se muestra aquí en una conformación abierta, no unida
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(izquierda) y con el dominio de la tapa cerrado alrededor de Ap5A (derecha). El bucle P aparece en verde y Ap5A en naranja.
