También viaja brevemente con Adam Mitchell, un joven genio autosuficiente que acaba traicionando su confianza, y Jack Harkness, un estafador reformado.

[2]​ En su primer viaje, la lleva a ver la destrucción del planeta Tierra en el año cinco mil millones.

Cuando se encuentran en peligro de muerte, el Doctor le dice a Rose que ha sido una alegría haberla conocido.

[6]​ En el episodio Dalek, el Doctor se encuentra con un Dalek, a pesar de que creía a la raza extinta, ya que la "Guerra del Tiempo" entre los Señores del Tiempo y los Daleks concluyó con la aniquilación mutua de ambas razas.

Sin embargo, cuando Pete se mata para restaurar el tiempo, muestra compasión y la anima a quedarse al lado de su padre mientras expira.

[9]​ Tras conocer en 1941 al Capítan Jack Harkness (John Barrowman), un estafador y antiguo agente temporal del siglo LI, el Doctor descubre que ha causado una plaga nanotecnológica mortal que está convirtiendo a la raza humana en zombis con máscaras de gas.

Este relato corto fue la inspiración en que se basó el episodio de la tercera temporada Blink.

Un Octavo Doctor, interpretado por Paul McGann apareció en una película para televisión coproducida en 1996 por la BBC y la Fox, que no llegó a convertirse en una serie completa.

Durante seis semanas en 2003, la BBC publicó un serial animado titulado Scream of the Shalka en su página web oficial.

Esto se desarrolló originalmente como una continuación oficial de la serie, y presentaba a Richard E Grant en el papel del Doctor.

[25]​ Eccleston citó la calidad de los guiones como su razón para unirse al reparto, diciendo en una entrevista en BBC Breakfast que estaba "emocionado" por trabajar con Davies.

Realmente pienso eso, porque de alguna forma rompió el molde y ayudó a reinventarlo.

[27]​ Russell T Davies caracterizó al personaje como una versión "rebajada" de Doctores anteriores.

[27]​ La productora ejecutiva Julie Gardner observó que el Noveno Doctor le dio a Eccleston la oportunidad de ser "muy intenso pero también frívolo al mismo tiempo".

El actor describió al personaje como "brutal a ratos" y "confrontativo" e "inflexible", diciendo que "a veces provoca carnicerías" y que "no hay nadie como él en Disney".

[38]​ Russell T Davies remarcó que el Noveno Doctor tiene mucha culpabilidad de supervivencia; eso explica por qué "se mueve por el universo llevando una chaqueta negra como diciendo 'No me toques'".

Davies pensaba que era importante alejar al Doctor de conceptos mitológicos fuera de pantalla como la Guerra del Tiempo y proporcionar una conclusión que se enfocara en la relación entre el personaje y Rose.

[38]​ Desde 1963, el Doctor ha viajado con varios acompañantes que generalmente servían para recordarle su "obligación moral".

En su libro Who is the Doctor?, Graeme Burk y Rober Smith describieron la escena del clímax del beso entre el Noveno Doctor y Rose en The Parting of the Ways como algo que "todos queríamos en secreto, a pesar de que fue lo que al final le mató a él".

[43]​ Adam Mitchell se une al Doctor y Rose en el episodio Dalek.

En contraste con Rose, Adam fue creado para mostrar que no todo el mundo está capacitado para ser un acompañante.

[46]​ John Barrowman, reflejando la relación entre el Doctor, Jack y Rose, sentía que "la sutil química sexual entre los tres personajes... siempre estaba en juego" con la advertecia de que "las relaciones no estaban de ninguna manera conducidas por el deseo".

[50]​ Marena Manzoufas, jefa de programación de la ABC, comentó tras adquirir la serie que Eccleston "ha traído una nueva energía dinámica al papel" y que el programa le gustaría tanto a los espectadores antiguos como a los nuevos fanes.

Sin embargo, nota que gracias a la brevedad de la era del Noveno Doctor, Tennant tuvo tiempo para estabilizar más su personaje.

Blair acaba su retrospectiva notando que sin las bases dejadas por Eccleston, el programa "no habría podido seguir adelante hacía la todavía más popular era de David Tennant".

[55]​ Antes del estreno de la serie en la cadena australiana ABC, Robin Oliver de Sydney Morning Herald, predijo que los espectadores antiguos "encontrarían a Eccleston fácilmente el mejor Señor del Tiempo desde Tom Baker".

Kelly creía que Eccleston era creíble como un hombre que había destruido dos civilizaciones y estaba lidiando con las consecuencias, y pudo haber dado más al programa si Eccleston se hubiera quedado para una segunda temporada.

[58]​ El actor del Séptimo Doctor, Sylvester McCoy alabó a Eccleston como "bastante alienígena" como el Doctor y que "no estabamos seguros de si estaba al borde de la locura o no, lo que era bastante bueno".

[66]​ Gavin Fuller de The Daily Telegraph le nombró el noveno mejor Doctor, diciendo que Eccleston era "un actor serio" y que "sus intentos en un estilo más ligero parecen un poco forzados", aunque esto era "compensado por su confrontación con los Daleks".

[67]​ Una encuesta de 2012 en la revista de noticias estadounidense Entertainment Weekly puso a Eccleston como el cuarto Doctor más popular tras David Tennant, Matt Smith (el Undécimo Doctor) y Tom Baker.