La oposición a estos receptores causa una disminución en la secreción de ácido en el jugo gástrico, por lo que la nizatidina se indica en medicina para el tratamiento del reflujo gastroesofágico y úlceras pépticas, en especial la dispepsia nocturna.

La nizatidina, a diferencia de los demás antagoinstas H2, sufre poco metabolismo en el hígado, por lo que tiene una biodisponibilidad cercana al 100%.

Las reacciones más frecuentes son dolor de cabeza, mareos, estreñimiento, diarrea y, raramente, picazón e hinchazón.

Los antagonistas de los receptores H2 compiten con ciertos medicamentos, como la procainamida, para obtener acceso a la secreción tubular en los riñones.

[1]​ Aunque la importancia clínica de esta interacción aún permanece en debate, es posible que la nizatidina aumente la concentración sanguínea del etanol durante el consumo de licor.