Lokoja fue la capital desde 1900, pero Zungeru se convirtió en la sede del protectorado en 1902 porque era la ciudad más septentrional accesible por transporte fluvial.[4] Las operaciones militares comenzaron en 1902 y continuaron durante unos cinco años de combates esporádicos.En 1907, Lugard dejó Nigeria para ir a Hong Kong y Percy Girouard se convirtió en el nuevo Alto Comisionado.En 1909, Henry Hesketh Bell, el gobernador del Protectorado de Uganda fue nombrado alto comisionado.[7] La tributación resultó ser muy difícil en el protectorado durante los primeros años del gobierno británico.La administración en el norte permaneció en gran parte separada e incluyó y profundizó el uso de las autoridades nativas.Se ha comprobado que estas divisiones persisten en muchos aspectos hasta el día de hoy.
Mapa de 1914 de los Protectorados de Nigeria del Norte y del Sur, por
John Bartholomew
& Co.
