La unificación se hizo por razones económicas más que políticas: el Protectorado del Norte de Nigeria tenía un déficit presupuestario y la administración colonial intentó utilizar los excedentes presupuestarios del sur de Nigeria para compensar este déficit.

Lugard estableció varias instituciones centrales para anclar la estructura unificada en evolución.

Se instituyó una Secretaría Central en Lagos, que fue la sede del gobierno, y se fundó el Consejo Nigeriano, más tarde Consejo Legislativo, para proporcionar un foro para los representantes de las provincias.

[1]​ El proceso de unificación se vio socavado por la persistencia de diferentes perspectivas regionales sobre la gobernanza entre las provincias del norte y del sur, y por los nacionalistas nigerianos en Lagos.

[2]​ En esa fecha, los dos territorios se unieron formalmente y Egerton fue nombrado Gobernador de la nueva Colonia y Protectorado de Nigeria del Sur, cargo que ocupó hasta 1912.

[4]​ Cuando su predecesor en el sur de Nigeria, Sir Ralph Denham Rayment Moor, dimitió, una gran parte del sureste de Nigeria aún estaba fuera del control británico.

[8]​ Egerton compartió las opiniones de Moor sobre el daño que se estaba causando al comercio del río Cross por la combinación de intermediarios y comerciantes indígenas con sede en Calabar.

Hubo un debate sobre si Ilorin debía incorporarse al sur de Nigeria, ya que el pueblo era yoruba, o si debía permanecer en el norte de Nigeria, ya que el gobernante era musulmán y durante algún tiempo Ilorin había estado sometido al califato de Uthmaniyya.

Y hubo una disputa sobre si las líneas ferroviarias del norte deberían terminar en Lagos o deberían tomar rutas alternativas al Río Níger y a la costa.[14]​.

Egerton tenía razones para oponerse a que la línea propuesta terminara en Baro en el Níger, ya que la navegación hacia el sur hasta la costa estaba restringida a la temporada de alta mar, e incluso entonces era incierta.

Aunque polémica en Lagos, donde una gran parte de la clase política y los medios de comunicación se opusieron a ella, la amalgama no despertó pasión en el resto del país.

Se llegó a la conclusión de que los africanos por sí solos eran incapaces de mantener la ley y el orden al nivel necesario para llevar a cabo la tan deseada revolución económica y que sólo el Estado europeo podía hacerlo.