Escribió además tratados dirigidos a los judíos, censurando en ellos el uso del Nuevo Testamento por la crítica rabínica de la religión cristiana.
Asimismo, son numerosas sus obras jamás publicadas aún a día de hoy.
Fue el primer comentario bíblico en ser imprimido, en Roma en 1471, con cada página del texto bíblico impresa en la parte superior central de la página, enmarcada por el texto exegético (véase la ilustración).
Martín Lutero lo usó, aprovechando sus comentarios en gran número en su propia obra sobre el Génesis, de donde procede el dicho latino: Si Lyra non lyrasset, Lutherus non saltasset («Si Lira no hubiese tocado la lira, Lutero no habría bailado»).
Para ellos compuso exhortaciones como Pulcherrimae quaestiones Iudaicam perfidam in catholicam fide improbantes, una de las fuentes usadas por Martín Lutero para su obra Von den Jüden und jren Lügen («Sobre los judíos y sus mentiras»).
Philippe Bobichon,« Nicolas de Lyre dans la littérature hébraïque et juive : XIVe-XVIIe siècles » In : G. Dahan (dir.)
: Nicolas de Lyre, franciscain du XIVe siècle exégète et théologien, Études Augustiniennes 48, Paris, 2011, pp.