Durante ese periodo, conservó al general Franco como jefe de Estado Mayor.

Tras las elecciones celebradas el 16 de febrero, a medida que se iban conociendo los resultados durante el día 17, el júbilo popular se desbordó entre los partidarios del Frente Popular con diversos altercados y alteraciones del orden público.

[3]​ Al estallar la Guerra Civil, Molero se hallaba en plena convalecencia tras una intervención quirúrgica.

Ante los rumores, cada vez más intensos de un levantamiento militar, se incorporó a su despacho.

[4]​ Los militares sublevados, dirigidos por los generales Saliquet y Ponte se hicieron con el control de las fuerzas militares tras arrestarle el 19 de julio, al negarse a unirse a la sublevación.