Después de haberse llevado a cabo el juramento, el pueblo tomó las armas en su poder, dejando tan solo con destino a Cundinamarca los fusiles que se hallaban en manos de don Pedro Lastra.
Por eso es el fundador de la cátedra del idioma inglés en Colombia.
Siguió en Cundinamarca apoyando a la causa patriota y a la rama eclesiástica civil antes de la llegada de la época del terror.
En 1816 cuando Pablo Morillo llegó a la capital de la Nueva Granada, el padre Omaña estaba consagrado al ministerio sacerdotal, como hubiese tenido actuación sobresaliente en la preparación y organización revolucionarias contra los poderes en contra de Fernando VII.
Fue capturado y juzgado para luego ser desterrado a la Capitanía de Venezuela.