Se inició como volante en las inferiores del Unión FC de Totoras donde jugó hasta el año 1999.
El 29 de mayo de 2005, Nicolás Domingo debutó en River Plate en la Primera División con la derrota frente a Gimnasia y Esgrima La Plata por 2-1, en la jornada 15 del Torneo Clausura 2005.
Su primer tanto lo anotó contra Gimnasia y Esgrima de Jujuy.
Convirtió su primer gol en noviembre, justamente enfrentando a River Plate, partido que ganaría su equipo por 1-0.
Fue campeón de la Copa Sudamericana 2017 al empatar contra Flamengo en el mítico Maracaná.