Al finalizar su enseñanza secundaria, antes de rendir el Bachillerato, se formó en filosofía y francés con Luis Oyarzún y Jorge Millas, entonces inspectores del Internado Nacional Barros Arana.

En este período se incorpora al Museo Zoológico de Bergen.

Sus investigaciones internacionales lo llevaron a Suecia, Noruega, Inglaterra, Francia y Brasil.

Su llegada al MNHN se produce en mayo de 1950, cuando es convocado por Humberto Fuenzalida Villegas, director del museo, quien le ofrece primeramente dirigir la sección de Zoología del MNHN, cargo que en ese momento se encontraba vacante.

Su trabajo en la institución se realizó frecuentemente con pocos recursos, pero sí con mucho tesón.

Con el correr del tiempo la sección que dirigía Bahamonde comenzó a crecer, instalándose laboratorios y acuarios, así como nuevos integrantes de la sección provenientes del Centro Nacional de Museología.

[3]​ Otra área en la que Nibaldo Bahamonde fue de gran ayuda al MNHN fue la de establecer relaciones y alianzas entre el museo y otras instituciones científicas, tanto chilenas como extranjeras.

Desde temprana edad, la labor científica de Nibaldo Bahamonde le ha significado premios y reconocimientos.