El Monumento a los Mártires del Barco Prisión, situado en las cercanías de Fort Greene, se construyó en su memoria.

El USS North Carolina, que actuaba como barco receptor de nuevos hombres alistados, también envió a sus marineros en botes para servicio en tierra".

[50]​ El patio se había expandido para emplear a miles de mecánicos calificados con hombres que trabajaban las 24 horas.

En un artículo publicado en julio, The New York Times declaró: "Durante varias semanas, las manos se han mantenido trabajando incesantemente, a menudo de noche y en sábado".

[56]​ Más tarde ese año luchó contra CSS Virginia (originalmente USS Merrimack) en la Batalla de Hampton Roads.

[53]​[57]​ Otros barcos construidos para la Armada de la Unión durante este tiempo incluyeron Adirondack, Ticonderoga, Shamrock, Mackinaw, Peoria, Tullahoma, Maumee, Nyack, Wampanoag y Miantonomoh.

[61]​ Los métodos habían mejorado mucho durante la guerra, y la tecnología naval que usaba la Armada ahora estaba obsoleta; a esto se sumaron problemas como la corrupción.

[67]​ Estos eran empleados del gobierno federal y recibieron protecciones laborales que se consideraron novedosas en ese momento.

[79]​ En este periodo se propuso trasladar el Navy Yard a Communipaw, o cerrarlo por completo, pero no tuvo éxito.

[2]​ Hasta que terminó la guerra en 1945, la Armada otorgaba anualmente al Astillero Naval de Brooklyn una "E" a la excelencia.

Las estimaciones más optimistas propusieron que el astillero vería 10 000 nuevos puestos de trabajo agregados si su remodelación llegara a su punto máximo.

[193]​ En 1987, la Brooklyn Navy Yard Development Corporation no logró arrendar ninguno de los seis diques secos y edificios.

[206]​ Por otro lado, después de que la ciudad rescatara el astillero en 1986, la Brooklyn Navy Yard Development Corporation comenzó a obtener su primera ganancia.

[213]​ Sin embargo, el estado se negó a otorgar un permiso para construir la planta durante varios años, alegando que la ciudad no tenía un plan de reciclaje.

[220]​ Para entonces, Rudy Giuliani había sido elegido alcalde y se oponía a la construcción del incinerador, prefiriendo en cambio que la ciudad instituyera un plan de reciclaje.

[241]​ En 2004, el alcalde Michael Bloomberg anunció que la ciudad desarrollaría el lado oeste del astillero con 52 m² para usos manufactureros, minoristas e industriales.

Aunque este había estado ocupado en un 99 % durante los cinco años anteriores, enfrentó contratiempos como la gran distancia que lo separaba del sistema de metro.

[249]​ Ese noviembre, se inauguró en Flushing Avenue el Brooklyn Navy Yard Center en BLDG 92, un museo dedicado a la historia y el futuro del astillero.

[262]​ Durante las primarias presidenciales demócratas de 2016, Hillary Clinton y Bernie Sanders celebraron un debate en el Building 268, Duggal Greenhouse.

[270]​ El astillero tiene cinco muelles etiquetados como C, D, G, J y K de oeste a este, con diez atracaderos en total.

[273]​ Desde 2016, el Brooklyn Navy Yard Development Corporation ha operado dos servicios de autobús gratuitos para los inquilinos del astillero y sus invitados.

[48]​ granito y albardamiento El Dry Dock 1 está ubicado en la Bahía de Wallabout, en el lado noreste del astillero.

El motor de bombeo construido para este dique seco fue el más grande del país en un momento dado.

[47]​ Cuando se reanudó la construcción en 1844, el proyecto fue dirigido por dos ingenieros civiles en rápida sucesión hasta que William J. McAlpine fue designado para el cargo en 1846.

[315]​ El cobertizo de madera tenía un gemelo, el Building 15, que estaba ubicado directamente al norte y ahora está demolido.

Los cimientos del edificio están soportados por cajones de hormigón y acero, que descienden 45,7 m bajo tierra.

[333]​[131]​ Los cimientos se construyeron en junio de 1941 y la construcción avanzó rápidamente, con un piso terminado en promedio cada tres días hábiles.

[131]​ El Building 77 fue renovado en 2017 por Beyer Blinder Belle[335]​[258]​ y ahora alberga empresas de fabricación ligera e inquilinos comerciales.

Originalmente era una marisma en Bahía de Wallabout y, según los informes, se expandió debido al lastre liberado por los barcos.

[255]​[360]​ En 2016, nueve de las diez casas históricas en Admiral's Row fueron demolidas para acomodar 399 la calle Sands, el supermercado Wegmans y el estacionamiento.