Existen varios puertos activos en Manhattan, Brooklyn, Queens, el Bronx, Staten Island, Perth Amboy, Elizabeth, Bayonne, Newark, Jersey City, Hoboken y Weehawken.
En 1870 la ciudad estableció la Autoridad del puerto para sistematizar el desarrollo marítimo, con George B. McClellan como el primer ingeniero en jefe.
El puerto alcanzó su máxima actividad en marzo de 1943, durante la Segunda Guerra Mundial, con 543 barcos anclados, a la espera.
El puerto supone la entrada principal desde el océano Atlántico hasta el sureste, entre Rockaway y Sandy Hook, que tiene otra entrada a través del Long Island Sound, en el noreste de la desembocadura del East River.
Un nuevo servicio de pasajeros se ha inaugurado recientemente en Red Hook, Brooklyn.
La disuasión y la investigación de las actividades delictivas, especialmente relacionadas con el crimen organizado, también es responsabilidad del estado.
Una persistente idea errónea sostiene que el puerto está en gran parte desprovisto de vida marina.