Otras batallas en las que participó fueron las de Fredericksburg, Chancellorsville y la Campaña del Appomattox.Entre 1876 y 1877 participó en la ofensiva que barrió las Llanuras del Norte tras la derrota del Teniente Coronnel George Armstrong Custer en la Batalla de Little Big Horn, constriñendo al pueblo lakota y a sus aliados a reservas.En 1886 reemplazó al General George Crook como Comandante del Ejército contra Gerónimo en Arizona.Crook se apoyaba mucho en los oteadores apaches para capturar al caudillo de los chiricahua, pero Miles los sustituyó por tropas que más tarde atravesarían 4.800 millas persiguiendo a Gerónimo por las tortuosas montañas de Sierra Madre.UU. sobre los indios, convencido de que todos los lakota debían ser puestos bajo control militar.Fue nombrado comandante general del Ejército de los Estados Unidos en 1895, puesto que mantuvo durante la guerra hispano-estadounidense.Logró el rango de Teniente General en 1900 gracias a su actuación en la guerra.Durante una hora aproximadamente los Estados Unidos tuvieron (de manera ilícita) a dos hombres como tenientes generales en servicio activo.A esta situación se puso fin cuando se le notificó a Miles su cese por medio de un mensajero en bicicleta y le escoltaron en su salida del despacho para dejarle libre el puesto al nuevo Jefe de Personal del Ejército.
