Cuando Gregorio de Nazianzo renunció, Nectario estaba preparado para realizar un viaje a Tarso.

El resultado de la elección del arzobispo de Constantinopla no agradó a todos, especialmente a los obispos occidentales, que clamaron por un sínodo común entre occidente y oriente que, según el emperador Teodosio, sería realizado en Constantinopla.

Antes del sínodo, Teodosio había enviado al arzobispo una carta en la cual decía que todos las cuestiones deberían ser discutidas.

Teodosio, decidido a rechazar todas las vertientes doctrinarias con la salvedad de la ortodoxa y del novacianismo, pues estas representaban la división de la Santísima Trinidad, afirmó que aquellos que realizaran servicios sagrados, publicaran doctrinas u ordenaran más padres tendrían puniciones públicas severas.

En 388, Nectario estuvo envuelto en una persecución contra los arrianos, que acabó con la destrucción del hogar de los mismos.

Tal usurpación fue considerada ilegal, pues fue realizada por solo dos obispos y no por un concilio o sínodo.

Esta categoría fue añadida al nivel eclesiástico en la época del cisma novaciano, cuando los obispos rechazaban cualquier comunicación con los que habían sido lapsi durante la persecución de Decio.

Gradualmente, había menos lapsi para se reconciliar y sus tareas acabaron relacionándose con la preparación de la comunión.