Como sea, la colonia fue entregada a una confederación de ciudades, principalmente jónicas, encabezadas por Mileto, Corinto y Egina.
Por lo mismo, Náucratis era una verdadera ciudad internacional, y en un atractivo centro cultural visitado por personajes como Solón o Tales de Mileto.
El historiador Heródoto estableció una relación entre la presencia de las diversas comunidades griegas y los distintos templos levantados en la ciudad.
Nueve ciudades (Quíos, Tea, Focea, Clazómenas, Rodas, Cnido, Halicarnaso, Fasélide y Mitilene) actuaron en conjunto, levantando un gran templo común, llamado Helenio, y reservándose el derecho de designar al intendente del mercado local.
[1] El Helenio era a la vez santuario, depósito comercial, foro de asambleas y fortaleza.