En 1878, las colecciones geológicas y mineralógicas del museo se separaron en dos instituciones aparte.[3] Permanecieron independientes hasta la fusión del Museo Nacional de Historia Natural y del Museo Nacional de Geología y Mineralogía en 1984, dando origen al Nationaal Natuurhistorisch Museum (NNM), el Museo Nacional de Historia Natural.El área de recepción del edificio incorporó el antiguo Lazareto construido en 1657-1661, diseñado por Huybert Corneliszoon van Duyvenvlucht.El instituto combinado fue oficialmente abierto como parte del ‘Año Internacional de la Biodiversidad 2010' por Ronald Plasterk y Gerda Verburg.Desde 2012 se emprendió la expansión y renovación de las instalaciones, con un diseño propuesto por Neutelings Riedijk Architecten que fue realizándose progresivamente hasta finales de 2019, lo cual dejó el antiguo Lazareto fuera del complejo.
La torre del Naturalis, en la que se aloja el museo actual, conocido por los numerosos especímenes de sus colecciones
