Boie estudió leyes en Kiel y Gotinga.

En la Universidad se interesó en la historia natural a través de las conferencias de Johann Friedrich Blumenbach y Friedrich Tiedemann.

Era el ayudante de Coenraad Jacob Temminck asistente en Leiden.

En 1825 viajó a Java con Salomon Müller para coleccionar los especímenes para el museo.

La abreviatura H. Boie se emplea para indicar a Heinrich Boie como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.