Sin embargo, desde los años 1960 se vio envuelta en escándalos que llevaron al Congreso a limitar sus actividades.
[3][1] Tras la Segunda Guerra, durante la Guerra Fría, Estados Unidos llevó a cabo operaciones encubiertas en Europa contra el comunismo, enviando asesores, equipamiento y financiación para periódicos y organizaciones.
[12] En 1984 la NED concedió fondos a un candidato presidencial panameño apoyado por el dictador Manuel Noriega y la Agencia Central de Inteligencia.
Luego, el Congreso estadounidense creó una ley que prohibía a la NED usar sus fondos para financiar las campañas de candidatos para ministerios públicos.
En 2004 el gobierno venezolano publicó documentos[13] que demostrarían que la NED concedió fondos en forma de donaciones a grupos de oposición en el país, como la ONG Súmate en los años 2000 a 2001.
[16] Durante los años 1980 financió el sindicato Eusko Langileen Alkartasuna-Solidaridad de los Trabajadores Vascos a través del Free Trade Union Institute para enfrentarse al «movimiento separatista ETA» y servir «como una fuerza moderadora en la región contra los sindicatos vascos radicales y el sindicato Comisiones Obreras de orientación comunista».
[23] En los años 1980, la NED llevó a cabo programas en las regiones de Portugal que estaban «dominadas por comunistas.»[24]