[2] Puesto que crece a temperaturas próximas al punto de ebullición se le considera un hipertermófilo.
Nanoarchaeum equitans parece ser un simbionte obligado de la archaea Ignicoccus pues debe estar en contacto con su huésped para sobrevivir.
Nanoarchaeum no puede sintetizar la mayoría de los nucleótidos, aminoácidos, lípidos y cofactores.
Sin embargo, al contrario que muchos microorganismos parásitos, Nanoarchaeum tiene muchas enzimas de reparación del ADN, así como todo lo necesario para realizar la replicación de ADN, transcripción y traducción.
[4] Más recientemente se las ha incluido en el superfilo DPANN junto con otros filos relacionados que han sido identificados a partir del grupo ARMAN.