[2]​ La localidad se ubica en la costa meridional de la bahía que forma el río Mara al desembocar en el lago Victoria.

Al este de la ciudad pasa la carretera B6, que une Mwanza con Kisumu recorriendo la costa oriental del lago.

[3]​ La localidad fue fundada por los kabwas, en cuyo idioma la palabra "omusoma" viene a significar "cordón litoral", haciendo referencia el topónimo a la presencia de varias de estas formaciones en la costa próxima al asentamiento.

A finales del siglo XIX, la localidad se integró en el África Oriental Alemana cuando varias tribus que estaban en guerra contra los kabwas se aliaron con los alemanes para conquistar la zona; desde entonces, durante mucho tiempo Musoma pasó a estar habitada principalmente por kwayas.

La ciudad fue desarrollada como capital regional por los alemanes, quienes trasladaron aquí su sede administrativa por sus facilidades geográficas para establecer un puerto.